Μπορεί η ουρολογία να θεμελιώθηκε το 19ο αιώνα ως ειδικότητα από τον Félix Guyon, όμως οι καταβολές της, αν και εμπειρικές, είναι σχεδόν πανάρχαιες. Παλιές όσο περίπου και ο άνθρωπος.
Η Ουρολογία αποτελούσε μέρος της Γενικής Χειρουργικής στα ευρωπαϊκά πανεπιστήμια, ενώ στο πανεπιστήμιο Αθηνών άρχισε να διδάσκεται από το 1886.
Ορόσημο της απόσχισης της ουρολογίας από τη γενική χειρουργική, υπήρξε η επινόηση από τον Nitze του σύγχρονου κυστεοσκοπίου.
Ο Guyon και Albarran που τον διαδέχθηκε (1860-1912) δημιούργησαν την πρώτη ουρολογική κλινική Civiale στο νοσοκομείο Necker του Παρισιού. Ο Jean Civiale (1792–1867), ένας Γάλλος χειρουργός και ουρολόγος, ήταν ο γιατρός που πραγματοποίησε το πρώτο ελάχιστα επεμβατικό χειρουργείο (minimally invasive surgery) για την αντιμετώπιση λιθίασης της ουροδόχου κύστης. Χρησιμοποιώντας ενδοσκοπικά εργαλεία, έκανε την πρώτη διουρηθρική κυστεολιθοτριψία το 1832. Πραγματοποίησε όλη την επέμβαση διαμέσω της ουρήθρας, αποφεύγοντας με αυτόν τον τρόπο την ανοιχτή επέμβαση (κυστεολιθοτομή).
Κοντά τους έκαναν μετεκπαίδευση πολλοί Έλληνες. Οι πρωτεργάτες της ουρολογίας στην Ελλάδα ήταν ο Βαρθολομαίος Γκύζης, ο Σπυρίδων Οικονόμου, ο Τζαννής Καΐρης και ο Αλέξανδρος Παππάς. Απ’ αυτούς οι τρεις πρώτοι, ήταν κατά σειρά και οι πρώτοι καθηγητές Ουρολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Η Ελληνική Ουρολογική Εταιρεία (Ε.Ο.Ε.), ιδρύθηκε το έτος 1931, διέκοψε τις εργασίες της το έτος 1937, επαναλειτούργησε το 1949 και από τότε συνεχίζει ανελλιπώς τις εργασίες της με τον ίδιο τίτλο.
Μελετώντας την ιστορία της ουρολογίας βλέπουμε ότι το πιο αρχαίο εύρημα είναι ένας λίθος ουροδόχου κύστης, ηλικίας 5000 χρόνων.
Οι αιγυπτιακές μούμιες έκρυβαν τα μυστικά τους επί χιλιάδες χρόνια, ώσπου τα αποκάλυψαν οι αιγυπτιολόγοι και οι αρχαιολόγοι. Έτσι ήρθαν στο φως πολύτιμες ιστορικές πληροφορίες και για ορισμένες παθήσεις τού ουροποιογεννητικού συστήματος. Ο πρώτος ουρόλιθος ανακαλύφθηκε από τον Ε. Smith το 1901 μ.Χ. στα οστά της πυέλου ενός αγοριού που βρέθηκε σ’ ένα προϊστορικό τάφο στο El-Amrah κοντά στην Άβυδο. Το χρώμα του ήταν κίτρινο με πυρήνα από ουρικό οξύ και ομόκεντρες στιβάδες από οξαλικό ασβέστιο και εναμμώνιο φωσφορικό μαγνήσιο.
Η περιτομή εκτελούνταν συχνά από τους Αιγυπτίους και τους Βαβυλωνίους κατά την προϊστορική εποχή. Φαίνεται πως η περιτομή αρχικά στους πρωτογόνους λαούς είχε λατρευτικό χαρακτήρα. Με άλλα λόγια, πρόσφεραν στους θεούς σαν δώρο ένα μικρό κομμάτι από το πιο πολύτιμο όργανο του άνδρα.
Από το 3000 π.Χ. είναι γνωστές τέτοιες επεμβάσεις, ενώ στη συνέχεια οι Εβραίοι καθιέρωσαν την περιτομή, με πρώτο που την υπέστη τον Αβραάμ το 19ο αιώνα π.Χ. Εξάλλου ο Μωυσής που την επέβαλε νομοθετικά, την υπέστη και ο ίδιος τον 14ο αιώνα π.Χ. Ας σημειωθεί ότι η περιτομή τόσο τού Αβραάμ όσο και του Μωυσή εκτελέσθηκαν με λίθινο μαχαιρίδιο. Σήμερα υπάρχει ανάγλυφο τού 2800 π.Χ. που παριστάνει επέμβαση περιτομής.